Cuando queremos usar un user control o web control personalizados debemos importar la referencia por medio de la directiva
<%@ Register%> al principio de la página de la siguiente manera
<%@ Register Assembly="Personal.Controls" Namespace="Personal.Controls.UI.Web" TagPrefix="personal" %>
<%@ Register TagPrefix="personal" TagName="header" Src="Controls/Header.ascx" %>
Observemos que la primera sentencia nos permite registrar controles que se encuentran dentro de un ensamblado y la segunda línea nos permite registrar controles de usuarios implementados en archivos .ascx, si trabajamos sobre un par de páginas todo está bien, pero si tenemos que registrar los controles en una gran cantidad de páginas el tema se complica ...
Para simplificar el trabajo podemos registrar directamen los controles en el archivo Web.config
<?xml version="1.0"?>
<configuration>
<system.web>
<pages>
<controls>
<add tagPrefix="personal" src="~/Controls/Header.ascx" tagName="header"/>
<add tagPrefix="personal" Assembly="Personal.Controls" Namespace="Personal.Controls.UI.Web" />
</controls>
</pages>
</system.web>
</configuration>
de esta manera ya podemos usar los controles dentro de nuestro proyecto sin necesidad de registrar en cada página
Tomado de: http://wjama.blogspot.com/