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¿Existe alguna manera de hacer upload de una carpeta en asp.net, o algun control de terceros que me permita esta funcion?.

Hola perdona por la respuesta tardia, dependiendo del framework que uses se puede decir que la respuesta es si: Si tu framewpor es apartir de la version 2.0 tienes el control upload, caso contrario puedes utilizar controles de terceros como el de infragistic.

En VS 2005 puedes utilizar el FileUpload, el control te da la funcionalidad de seleccionar el archivo en la maquina local y solo tienes que programar un botón adicional para que el archivo suba al servidor, te copio el código del botón para subir que usé para una proyecto que me permite subir archivos de Excel

UpFileXLS es el control FileUpload

Dim strFileName As String = ""

Dim FileMapPath As String

Dim Cod_Consulta As String

If Not (UpFileXLS.PostedFile Is Nothing) Then

If UpFileXLS.PostedFile.ContentLength > 4000000 Then

lblUpFile.Text = "El archivo no debe ser mayor a 4MB"

Exit Sub

End If

FileMapPath = Server.MapPath("Archivos") -- esta carpeta debe tener permisos de escritura en el servidor

strFileName = FileMapPath & "\"  UpFileXLS.FileName

Try

UpFileXLS.SaveAs(strFileName)

txtNombreArchivo.Text = UpFileXLS.FileName.ToString

Catch ex As Exception

lblUpFile.Text = ex.Message.ToString

End Try

End If

End Sub